La constellation de l'Hydre mâle est une création moderne. Elle fut inventée par les navigateurs hollandais Pieter Dirksz Keyser et Fredick de Houtman à la fin du XVIe siècle pour remplir un espace sans dénomination près du pôle sud céleste. Elle fut popularisée par Johann Bayer lors de la publication de son Uranometria en 1603. Parfois appelée « Serpent de mer », elle n'a rien à voir avec l'Hydre de Lerne de la mythologie grecque.

L'astronome Julius Schiller combina l'Hydre mâle et le Toucan pour former la constellation biblique de l'archange Raphaël. Comme les autres constellations religieuses de Schiller, elle ne tarda pas à tomber en désuétude.