La constellation de la Mouche fut proposée par les navigateurs hollandais Pieter Dirksz Keyser et Fredrick de Houtman en 1536. L'astronome Johann Bayer l'introduisit dans son Uranometria en 1603 sous le nom de l'Abeille. Plus tard, Nicolas-Louis de Lacaille la rebaptisa Mouche australe, afin de la différencier de la Mouche boréale, une constellation maintenant disparue située près du Bélier. La suppression de cette constellation permit de la rebaptiser simplement Mouche.